微波设备在食品业主要应用于各种小包装食品、瓶装食品、糕点、饼干、果脯、豆制品、熟食、调味品（鸡精、香精）面粉等的加热、干燥与杀菌处理。也使用于对海产品（海带、紫菜）的干燥；面包、糖、干果、茶叶、烟叶、粮食制品的脱水、烘干、干燥、杀菌防霉处理。以及对各类速冻食品的解冻处理。
    微波具有热效应和非热效应双重杀菌作用。微波热效应杀菌机理的简述是：生物细胞是由水、蛋白质、碳水化合物、脂肪和有机物等复杂化合物构成的一种凝聚态介质。该介质在强微波场的作用下，温度升高。其空间结构发生变化或破坏，蛋白质变性，影响其溶解度、粘度、膨胀性、稳定性，从而失去生物活性。微波非热效应杀菌机理的简述是：微波作用能改变生物性排列聚合状态及其运动规律，而且微波场感应的离子流，会影响细胞膜附近的电荷分布，导致膜的屏障作用受到损伤，影响NA—K泵的功能。产生膜功能障碍，从而干扰或破坏细胞的正常新陈代谢功能，导致细菌生长抑制、停止或死亡。再则细胞中的（RAN）和脱氧糖酸（DAN）在微波场力作用下可导致氢键的松弛、断裂或重组。诱导基因突变或染色体畸变，从而影响其生物活性的改变，延缓或中断细胞的稳定遗传和增殖。
    简单地说微波杀菌、保鲜是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟。
    通过微波烘干、干燥、杀菌处理的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~100%。而且不生产“三废”污染.

●微波在制药行业中的应用
    微波在医药业的设备主要应用于药丸（水丸、密丸、水密丸等）、药片、药粉、药颗粒各种口服液、中西药材等的烘干、干燥与杀菌处理。
    长期以来，我国医药加工业都是采用传统的加热烘干、干燥、杀菌方式，如采用热风、远红外进行药品的干燥，用高温高压，钴60等进行杀菌。它们不仅热效率利用率低、加热时间长、占地面积大不利于环保。同时，杀菌要在加压120℃的高温下，保温20~40分钟，而药品的药效和营养成分必将受到一定程度的破坏。而采用微波干燥、杀菌能充分发挥微波烘干、干燥、杀菌特性，就可以解决传统加热的弊端。用精心设计的药丸微波干燥机，加工的药丸不龟裂，一致性好，保持原样性，延长了保质期。采用5KW微波口服杀菌的设备，每小时可加工10ML的口服液5000支以上，其杀菌温度仅为80℃左右，时间不到1分钟，不仅卫生指标达标而且口服液体色泽清澄、保持了口服液原营养成分、无沉淀、口感佳。设备已通过制药GMP认证。